Lisztérzékenység esetén az említett gabonafélék elfogyasztása a vékonybélben olyan károsodásokat okoz, melyek rövidtávon, az ételek elfogyasztását követően hasi panaszok - puffadás, hasi görcs, hasmenés - formájában jelentkeznek. Hosszú távon, ha a lisztérzékeny beteg továbbra is rendszeresen fogyaszt gabonatartalmú élelmiszereket a vékonybélben található bélbolyhok is károsodnak, így csökken a tápanyagok felszívódása. A betegnél kóros soványság, tápanyag- és vitaminhiány jelentkezhet.

A University of Virgina kutatói vizsgálatuk során arra is felfigyeltek, hogy a már említett szövődmények mellett a lisztérzékeny hölgyek körében gyakrabban jelentkeztek menstruációs panaszok. A menstruációs zavarok következtében az ovulációk száma is csökkent, így kisebb eséllyel estek teherbe. A panaszok megjelenésében hormonális faktorok feltehetően épp úgy szerepet játszanak, mint a fel nem ismert lisztérzékenység következtében kialakult tápanyag- és vitaminhiány. Ennek következménye lehet, hogy a nem diagnosztizált betegek körében gyakrabban fordul elő vetélés és koraszülés, a magzat méhen belüli fejlődése is lelassulhat.

A fel nem ismert lisztérzékenység férfiak körében is csökkent tesztoszteron szintet eredményezhet. Esetükben nő az abnormális spermák - alacsonyabb sperma szám, csökkent teljesítmény - kialakulásának esélye is.