Kevés veszélyes ellensége ismert a babarózsának. Az egyik saját maga, pontosabban az alanya. A babarózsát oltványként vásárolhatjuk meg, ami azt jelenti, hogy egy erős más, de hasonló tulajdonságokkal rendelkező növényre oltják a nemes virágzó részt. Az oltvány sokkal erősebb növekedésű, ezért rendre kihajt a nemes cserje mellett. Ha nem távolítjuk el az alany hajtásait, akkor pár év alatt olyan nagyra fejlődik, hogy a nemes babarózsa elpusztul. De ez szokott a kisebb gond lenni, ugyanis a vadnövést mindenki időben észlelni szokta, és megteszi a szükséges beavatkozást.

A nagyobb problémát a monília nevű betegség okozza. Ez a betegség akár egy hét alatt is képes az egész növényt elpusztítani. Virágzáskor egyik napról a másikra a hajtások vége úgy néz ki, mintha leforrázták volna a növényt. A képeken jól láthatóak a tünetek. 
 

A betegség virágzáskor a virágokon keresztül fertőzi meg a növényt, bejut annak szöveteibe és rohamosan terjed a gyökér felé. A megfertőzött hajtás gyorsan elpusztul. A növény védekezik a betegség ellen, attól függően, hogy milyen erős a fertőzés, valamint a növény ellenálló képessége. Gyenge fertőzés, és erős növény esetén a hajtás elhalás csak rövid szakaszt érint, az elhalt rész alatt a növény újra kihajt. 

A monília tavasszal virágzáskor okoz problémát, jelenlétével később már nem kell számolnunk. Védekezni ellene pemetezéssel lehet. A tél végi lemosó permetezés jelentősen gyéríti a számát, valamint virágzáskor kell a növényt Chorus szerrel permetezni, amely a hasznos rovarokat megkíméli. Fertőzés észleléskor az elhalt hajtásvégeket azonnal le kell metszeni, úgy, hogy az egészséges részből is vágjunk le néhány centis szakaszt. Ezzel megakadályozzuk a betegség terjedését.